Setelah melalui kegiatan selama hampir 3 minggu di kampus STEI ITB, pada 22 November 2008 Pelatnas 1 TOKI 2009 resmi ditutup dengan pengumuman 16 besar yang berhak melaju ke tahap selanjutnya. Keputusan akan 16 besar ini dilihat dari perolehan nilai peserta selama latihan, quiz, dan juga simulasi olimpiade.

Berikut adalah daftar nama 16 besar tersebut diurutkan dari peringkat pertama sampai peringkat ke-16 beserta informasi asal sekolah dan perolehan nilainya:

1. Angelina Veni Johanna – SMAK 1 BPK PENABUR Jakarta – 827.02
2. Christianto Handojo – SMA Kolese Kanisius Jakarta – 812.42
3. Ryan Elian – SMAK IPEKA Internasional Jakarta – 619.75
4. Alham Fikri Aji – SMAN 1 Depok – 602.20
5. Ashar Fuadi – SMAN 1 Bogor – 595.95
6. Harta Wijaya – SMA St. Thomas 1 Medan – 580.20
7. Edwin Hutomo – SMA Kolese Kanisius Jakarta – 572.65
8. Fikrul Arif Nadra – SMAN 10 Padang – 561.56
9. Bagus Seto Wiguno – SMAN 9 Yogyakarta – 548.84
10. Muhammad Adinata – SMAN Plus Propinsi Riau – 514.35
11. Thomas Hendy – SMA Xaverius 1 Jambi – 498.07
12. Arief Setiawan – SMAK St. Louis 1 Surabaya – 491.22
13. Reinhart Abdiel Hermanus – SMAK 1 BPK PENABUR Bandung – 457.67
14. Ellensi Rey Chandra – SMAK 5 BPK PENABUR Jakarta – 393.03
15. Tommy Tanzil – SMA Dian Harapan Makassar – 372.16
16. Riko Adi Prasetya – SMAN 1 Pati – 350.68